Kể từ khi một nền văn hóa mới ra đời , thạch anh đã sớm được người cổ đại phát hiện và khám phá ra những khả năng thiêng liêng, huyền diệu. Chúng được họ sử dụng phổ biến như một tấm bùa hộ mệnh bảo hộ cho gia chủ. Trong quá trình hình thành phát triển nền văn minh, các bộ lạc thổ dân Úc và Nam Mỹ đã hình tượng hóa thạch anh như là "con rắn của vũ trụ", là nguồn năng lượng phát sinh có khả năng làm xoay chuyển cuộc đời của mỗi con người.
Những nền văn minh huyền thoại như Atlantis và Lemuria được cho là sử dụng thạch anh như một bảo vật để có thể tăng khả năng hồi sinh dựa vào khúc xạ năng lượng mặt trời, họ tin rằng nó sẽ là công cụ tuyệt vời hỗ trợ cho nền văn minh phát triển và tiến tới sự huy hoàng, hoàn mỹ. Sự lạm dụng thạch anh trong thời kì này cũng được cho là lý do vì sao thạch anh lại bị tàn phá nặng nề đến thế.
Từ những bí thuật kinh nghiệm thời cổ xưa cho đến khoa học hiện đại, thạch anh luôn được sử dụng để trợ giúp cho các vấn đề về tâm linh như khả năng tiên tri, dự báo tương lai. Và đôi khi chúng được sử dụng như đoán biết trong những trò may rủi như “có-sai”, “đúng-không” (con lắc cảm xạ). Thạch anh được sử dụng làm con lắc cảm xạ cực kì phổ biến ở thời kì Hy Lạp và La Mã, bởi vậy các chiến binh thời Trung Cổ luôn mang theo bên mình tinh thể thạch anh để gia tang sức mạnh khi ra trận tham chiến.
Theo các nhà chiêm tinh cổ, thời điểm thạch anh phát huy năng lượng mạnh mẽ nhất là vào giữa tháng khi trăng tròn ( 15-16 âm lịch) . Kết hợp từ niềm tin truyền thống và những trải nghiệm của khoa học qua nhiều thế kỉ.
Vào thế kỷ 11, một quả cầu thạch anh pha lê được biết đến dưới tên tinh thể Currahmore xuất hiện ở Scotland và được lưu giữ tại Marquis của Waterford, quả cầu này có một lịch sử khá huyền bí do đã được lưu truyền qua nhiều thế kỷ, nguồn gốc của quả cầu được cho là mang từ Thánh Địa và nó được đề cao về khả năng trị bệnh cho gia súc. Quả cầu thạch anh này có kích thước lớn hơn một quả cam một chút, ngoài ra còn có một vòng bạc bao quanh đi qua giữa trung tâm. Cách sử dụng để nó trị bệnh là đặt nó trên một dòng suối và đặt gia súc dưới dòng suối, dòng nước chảy qua quả cầu chạy xuống và năng lượng của thạch anh sẽ tiếp xúc với gia súc, tác động qua lại giúp thanh tẩy năng lượng ô uế cho gia súc và khiến chúng khỏe mạnh.Có rất nhiều nguồn thông tin xoay quanh nói về tinh thể Currahmore này và điều đó đã giúp nó không ngừng nổi tiếng, nó chu du khắp bốn bể tứ phương xa xôi để trợ giúp tất cả những ai cần đến năng lượng của nó. Và tất nhiên là đặc quyền sử dụng nó luôn luôn được chủ nhân chấp nhận, miễn sao khi họ đã xử lý xong mọi việc có thể trả nó lại cho người chủ sở hữu.
Ở nền văn minh Rô-ma cổ đại, thạch anh pha lê lại được xem là tảng băng lạnh, bởi vậy nên ở thời kỳ này, các quý bà sang trọng thường đặt quả cầu pha lê trong tay với niềm tin rằng chúng sẽ giúp cơ thể trở nên mát mẻ hơn trong thời tiết oi bức mùa hè.
Ngoài ra, người Rô-ma còn cho rằng Thạch anh pha lê là nguồn sức mạnh của ngọn lửa thiêng liêng. Họ sử dụng thạch anh pha lê bằng cách cho nó xuyên qua một đống gỗ vụn hoăc đống lá khô, từ từ trong đống lá sẽ xuất hiện một làn khói và dần dần lớn lên thành ngọn lửa. Điều này cho thấy, rõ ràng thạch anh pha lê có khả năng tạo lửa không khác gì một thấu kính hội tụ.
Trong tín ngưỡng tinh thần và tôn giáo, thạch anh luôn mang một vị trí có tầm quan trọng. Người Nhật gọi thạch anh là tama: "viên ngọc hoàn hảo." Nó là biểu tượng của sự tinh khiết, tính vô hạn của không gian, sự kiên nhẫn và bền bỉ. Các tinh thể đá vụn được cho là hơi thở đông tụ của rồng trắng, trong khi những cụm tinh thể lớn hơn được cho là nước dãi của loài rồng tím. Rồng là biểu tượng quyền lực cao nhất thể hiện sự kính trọng mà rất nhiều nền văn hóa phương Đông tôn sùng, và
thạch anh chính là tinh thể mang trên mình niềm tin tôn giáo đó.